Ciao,
innanzitutto non preoccuparti del virtual hardware, le virtual machine di ESXi 4.1 possono essere eseguite anche su ESXi 5.0 senza modifiche o aggiornamenti al virtual hardware, quelli li potrai fare in seguito.
Per la migrazione, ci sono diverse opzioni. Il converter che hai indicato sicuramente è una di queste, e possiede un'opzione specifica per allineare le modifiche che la VM sorgente ha subito dal momento in cui hai iniziato la replica, può anche spegnere automaticamente la vm sorgente e avviare quella destinazione una volta completata la copia.
Un'altra soluzione che ho usato diverse volte, essendo già virtuale anche la VM sorgente, è Veeam, che anche nella versione free permette di utilizzare la quick migration, che fa più o meno la stessa procedura del converter, ma leggendo e scartando i blocchi che non contengono dati è molto più veloce del converter (che solitamente mi tengo solo per fare da fisico a virtuale)
Ciao,
Luca.