Hola como estas???
Mi experiencia me dice que el FC es caro pero el mejor sin dudarlo, con iscsi es mucho mas bajo el costo pero no tiene la performace de FC
te dejo una documentacion de vmware donde te explica la performance de todos los tipos de alamcenamientos.
Si puedes nos dejas el modelo de la cabina que va a utilizar
Saludos !!!
http://www.vmware.com/files/pdf/perf_vsphere_storage_protocols.pdf